12月共发了2个月薪水,能扣除两千元×2的个税扣除基数吗

不可以扣除两个月基数。因11月申报期已过无法再缴纳11月个税，只能在12月申报当月工资薪金应缴税款，但可把另一月工资作为年度奖金申报纳税，即用此数除以12后再找税率。