我与小儿同时申请建房,请问《协议》有效吗?我们该怎么执行?

我与小儿同时申请建房,申报手续后在拆旧房时遭到邻居多次恶意阻挠。持续一年多时间无法建房,被逼无奈违心签订了一份不合理《协议》。四个月后我们均收到《建设規划许可证》,原《协议》内容与《建设规划许可证》内容有冲突。请问《协议》有效吗?我们该怎么执行?