签的是购房协议，房款已付清，换合同和办房产证时却多出九点多平，我是需要全部都交还是只交3%的款

你的问题很含糊；你的房款是全部付清还是只交了首付？房屋面积变大是因为在与房管局签网签合同时，房产局的测量结果，这属于正常原因，但是面积变化正负不超过6%；如果你是只交了首付，多出的可以协调地产商只交30%，但是很麻烦，要到房管局撤备案、重新签订合同；建议交清这多出的9个平方，但是合同一定要重新签订的，因为你的房产面积、价格有变化；如果你全部房款都付清了，那肯定是要全部交的。