土地闲置期满政府要回收，但之前却被法院查封

甲有一块荒地，闲置了两年没有使用，政府现在要依法回收。甲乙发生债务纠纷，法院把土地查封了，要把甲的土地使用权赔偿给乙，案子还没有判下来。如果判下来，土地的使用权又归乙了，闲置的年限是否要重新计算？政府现在来人要收回土地，已被法院查封的土地政府是否有权回收？政府应该如何操作？